以下の記載でファイル単体基本認証動いた。
ディレクトリではなく、
.htaccessと同階層にあるHTMLファイルに基本認証をかける
文字コードeuc-jp
改行コードLF
さくらインターネットマネージドサーバ
AuthName "Please enter your ID and password"
AuthUserFile /home/xxxxxx/www/xxxxxx/.htpasswd
<Files test1.html>
require valid-user
</Files>
<Files test2.html>
require valid-user
</Files>